Nel settembre 1654 venne aperto il cantiere di costruzione della nuova chiesa che presentò problemi fin da subito infatti in seguito alle piogge dell’autunno 1655 una gran parte del lato settentrionale della chiesa si era sfasciata ed era crollata la notte di Natale.
L’impresario aveva dovuto rifare la costruzione a proprie spese. L’Imperatore Leopoldo I concesse ai gesuiti, nel 1659, un sussidio di cinquecento fiorini annui, suddiviso in sei anni, per ultimare l’opera. Nel 1685 la chiesa non era ancora completata ma si iniziò sul fianco sinistro l’erezione del nuovo edificio scolastico, che dopo lo scioglimento dell’ordine venne adibito a caserma.
Nel 1659 con la spesa di 1000 fiorini venne eretto dai padri Paolo e Piero Moretti e da Francesco Moisesso un altare marmoreo.
Nel 1680 furono completate le volte sopra le quattro cappelle, i corridoi e le gallerie sopra di queste, nonché si poteva già ammirare l’altare del Crocifisso della famiglia della Torre. L’oratorio, situato sopra la sacrestia, venne dipinto nel 1684, quasi in contemporanea allo splendido altare dedicato all’Assunzione della Vergine. L’anno seguente la famiglia Cobenzl fece edificare per 1048 fiorini l’altare dedicato a San Giuseppe e nel 1686 fu edificato quello in onore di San Francesco Saverio con il lascito di 1000 corone della famiglia della Torre.
L’altare maggiore ligneo venne sostituito nel 1716 dalla scenografica opera marmorea di Pasquale Lazzarini e consacrato il 31 luglio di quell’anno dal vescovo di Pedena Giorgio Francesco Marotti.
Le grandi statue poste alla destra e alla sinistra dell’altare maggiore raffigurano i quattro grandi santi fondatori dell’Ordine: Stanislao Kostka, Luigi Gonzaga, Francesco Saverio, Francesco Borgia.
Nel 1717 l’altare maggiore venne arricchito dai due grandi candelabri di marmo posti sui due gradini. Nel 1721 il pittore e coadiutore laico gesuita Cristoph Taucher, allievo di Andrea Pozzo, dipinse la celeberrima “Gloria di Sant’Ignazio” alle spalle del grande altare: un’opera di straordinaria difficoltà e dall’eccezionale impatto prospettico che vede Sant’Ignazio in abiti sacerdotali in ginocchio sopra una nuvola portato dagli angeli al Padre Eterno.
Sulle pareti del presbiterio si notano anche quattro grandi affreschi che raccontano la storia, la fondazione e il carisma dell’ordine, in particolare la consegna da parte del papa della Regola a Sant’Ignazio.
Nel 1744 venne eretto, per lascito testamentario del conte Nicolò Strassoldo, un altare bianco con la deposizione di Gesù dedicato alla moglie, Anna baronessa Terzi. Il pulpito di marmo bianco venne donato nel 1750 da Giambattista della Torre ed era costato 2500 fiorini.
Le statue lignee della Valgardena, sotto la cantoria, di San Giovanni e Santa Maria Maddalena ai piedi della Santa Croce risalgono al 1754.
A ricordo della consacrazione avvenuta il 24 febbraio del 1767 venne posta una grande lastra marmorea sulla parete di sinistra al principio della grande navata con l’epigrafe:
D.O.M. TEMPLVM. D. IGNATII. DE. LOIOLA. CAROL. MICH. AB ATTEMS. S.R.I. PRINCEPS PRIMUS. GORITIENS. ARCHIEP. ALOIS. MARIA. GABRIELI. CONCORDIENS. CAROL. CAMVCCIVS. IVSTINOPOL. ALDRAG. PICCARDI. PETTINENS. EPISCOPI AN. MDCCLXVII VI. KAL. MART. DEDD.
L’attuale organo del 1928, opera di Beniamino Zanin, con oltre quattromila canne è lo strumento pneumatico più grande dell’Italia settentrionale.
I caratteristici campanili con la cupola a cipolla furono terminati nel 1725 e la facciata con le statue di Ignazio [al centro], San Giuseppe [a sinistra] e San Giovanni Battista [a destra] fu completata tra il 1724 e il 1725.
