Il trattato di Worms del 3 maggio 1521 fra l’Impero e Venezia stabilì in maniera duratura la giurisdizione imperiale sui territori occupati negli anni precedenti.
Venezia rinunciò a Mossa, Porpetto, S. Gervasio, Chiarisacco, Gonars, Rivarotta, Ontagnano, Fauglis, S. Giorgio, Nogaro, Carlino, Monastero, Cervignano, S. Martino di Terzo, Ruda, Visco, Villa Vicentina, S. Nicolò della Levada, Fiumicello, Aiello, Tapogliano, Ioannis, S. Vito di Crauglio, Aquileia, Zuino, oltre a Tolmino, Plezzo, Ampezzo e Partistagno. Venezia provò particolare amarezza per aver perduto per sempre Aquileia, Marano, Gradisca e Gorizia.
Questa situazione si fossilizzò per oltre due secoli e soltanto tra il 1752 e il 1756 si posizionarono dei cippi confinari alcuni dei quali, come a Sagrado, sono ancora visibili.
Dopo Massimiliano I ebbero il titolo di Conte di Gorizia Calo V, Ferdinando (fratello di Carlo) quindi tutta la dinastia Asburgo.
Nel cinquecento Gorizia ebbe riconoscimenti e conferme dei suoi privilegi, mantenendo usi e consuetudini antiche. Gorizia e la Contea nel Cinquecento, come nei secoli successivi, erano governanti dagli Stati Provinciali, composti da nobili e dal clero.
All’epoca la Dieta provinciale era formata da quattro deputati per gli affari amministrativi e quattro assessori per l’amministrazione della giustizia.
A capo dell’esecutivo era posto un Capitano che veniva nominato dall’imperatore, gli Stati provinciali erano presieduti da un Maresciallo e il parlamento legiferava con molte autonomie su materia di polizia, istruzione, imposte, affari ecclesiastici. I borghesi erano retti da un Magistrato urbano con dieci consiglieri presieduti da un Gastaldo.
I capitani e i deputati nel cinquecento furono i rappresentanti delle famiglie aristocratiche più in vista della città: Salamanca, della Torre, Attems, Canusio, Cobenzl, Ungrispach, Degrazia, Dornberg, Eck, Edling, Fontana, Khisel, Ortenburg, Lantieri, Neuhaus, Orzoni, Rabatta, Richieni, Strassoldo, Zernozza, Formentini, Colloredo, Mels, Roncon e Petazzi.
Per quanto concerne l’organizzazione ecclesiastica venne istituito nel 1574 un arcidiaconato stabile che esercitò una parte del potere e della giurisdizione che erano prerogative dei patriarchi.
La questione della Riforma protestante toccò anche la città portando una lunga e travagliata storia che trovò il culmine nel sinodo convocato a Gorizia dal vicario patriarcale Francesco Barbaro nel 1593 alla presenza di tutto il clero, per ristabilire in modo capillare la disciplina spirituale.
Questa assemblea fu alla base dell’arrivo in città di un numero considerevole di ordini religiosi durate il XVII secolo.
