Nel corso del XIII secolo gli scontri con il patriarca furono molteplici: i successori di Mainardo, Enrico I (anche podestà di Trieste), ed Enghelberto II (crociato con Corrado II, e seguì anche Federico Barbarossa nel suo viaggio in Italia nel 1154) furono acerrimi nemici del patriarca proprio per la loro impronta chiaramente ghibellina. Il patriarca Pellegrino I nel 1150 fu catturato da Enghelberto e tratto in arresto a Gorizia: dovettero intervenire alcuni principi tedeschi perché il prelato fosse liberato. Anche con il patriarca Ulrico II (1161 – 1191) ci furono forti tensioni in quanto questi nella lotta tra papa Alessandro III e Federico Barbarossa si pose a favore del pontefice. I successori di Enghelberto (Mainardo II ed Enghelberto III) crebbero e precisarono i loro diritti feudali: battendo moneta con lo scudo di famiglia (il leone rampante) e con la rosa a sei petali, che contraddistingueva la zecca di Lienz.
Quando si allearono con Treviso, contro il patriarca, lo assalirono e lo sconfissero: l’alto prelato venne salvato in extremis da Venezia, dai carinziani, dal Tirolo e dallo stesso papa. La pace firmata a Cormòns nella chiesetta di S. Quirino, il 21 gennaio 1202, fissò la devoluzione o il riconoscimento ai conti del pieno possesso del castrum de Goritia cum omni proprietate, servis et ancillis, et omni jure ad ipsum pertinente, Ministerialibus exceptis (il castello di Gorizia con tutte le proprietà, la servitù e ogni diritto spettategli, esclusi i ministeriali). In pratica il conte otteneva la giurisdizione da Monfalcone all’Isonzo e da questo al mare con i castelli di Cormons, Arispergo, Barbana e Tomaj.
I rapporti migliorarono solamente con i patriarchi Wolfgero, con il suo successore Pellegrino II e con Bertoldo (1218 – 1251); quest’ultimo oscillava nella sua posizione e visione politica tra l’imperatore Federico e il papa, anche se alla fine prevalse il favore romano in antitesi al ghibellinismo dei conti. Enghelberto III fu nominato al Parlamento friulano condottiero delle truppe patriarcali; in suo assenza si fece sostituire da un capitano, titolo che rimase fino a tutto il Settecento.
